Las Comisiones de la Iglesia Evangélica Presbiteriana y Reformada en el Perú son órganos de servicio y apoyo al trabajo nacional de la iglesia. Su función principal es planificar, coordinar y ejecutar programas en áreas específicas de la vida eclesiástica, promoviendo la unidad, la formación y el testimonio cristiano reformado.
Los comités y las juntas nacionales de organizaciones de la IEPRP son órganos de apoyo y servicio que trabajan en coordinación con las comisiones establecidas por la Asamblea General. Su función es impulsar áreas específicas de la vida y misión de la iglesia, fortaleciendo tanto el trabajo local como nacional.